自1984年起，以促进医学学科发展为目的，原卫生部启动重点实验室（含工程技术中心）建设，实验室主要布局在原卫生部直属医学院校，兼顾了部分地方医学高校和医疗卫生机构，至2013年，共建设重点实验室81家。为加强计划生育科研能力和计生技术监测工作，原国家人口计生委在部分地区建设重点实验室，共建成12家（其中2013年集中建设10家，由国家发展改革委投入建设经费）。2013年两部门整合组建国家卫生计生委后，未新增建设。经过“十二五”评估和原国家计生委建设重点科研基地验收后，共有国家卫生健康委重点科研基地88个。
2018年4月，国家卫生健康委办公厅印发《关于委托中国医学科学院承担“十三五”期间委级重点科研基地日常管理工作的函》（国卫办科教函〔2018〕286号），正式将委重点科研基地的日常管理工作委托给中国医学科学院，以进一步探索“管办分开，政事分离”，推动科技体制改革，强化委重点科研基地规范管理。
为加强中西部地区医学科技支撑能力建设，服务支撑区域卫生健康服务能力提升，在国家卫生健康委指导下，中国医学科学院具体组织新建委省共建重点实验室的申报及林遴选工作。经国家卫生健康委批准，2019年，面向河北等中西部地区新增委省共建重点实验室13个；2020年面向山西等部分地区新增委省共建重点实验室6个；2021年新增委省共建重点实验室2个。
截至目前共有委重点科研基地109个（含委省共建重点实验室21个），已实现我国大陆地区31个省市和新疆生产建设兵团的地域分布内的全覆盖。
委重点科研基地作为我国卫生健康科技创新体系的重要组成部分，认真贯彻实施创新驱动发展战略，以人民健康为中心，聚焦行业重大需求，在转化医学与临床医学研究、药物与器械研发、疾病防治技术与策略、卫生政策与管理等方面积极开展创新研究，取得一系列成果并应用于实践，为解决行业关键科学和技术问题、促进科技进步、支撑健康中国建设发挥了重要作用。作为国家级科研基地的培育平台，委重点科研基地成功孵育了生殖医学国家重点实验室、眼科学国家重点实验室、传染病诊治国家重点实验室和国家眼视光工程技术研究中心等国家级科研级基地，进一步壮大和发展了卫生健康科技创新的国家队、排头兵。
